כחלק מהמדיניות הסביבתית במכון ובמסגרת מחויבות המכון לשיפור סביבתי מתמיד ע"פ תקן ISO14001, הטיפול בפסולת ותוצרי לוואי במכון מתנהל על פי סדר עדיפות בגישת שלושת השלבים: 

הפחתה > השמשה מחדש > מחזור.

כלל הפסולת במכון מופרדות וכל פסולת מטופלת בהתאם לגישה שהוזכרה.

דוגמאות:

• פסולת ביתית ("רטובה") – פינוי לאתר מורשה (דרך עירית נס ציונה) 
  

• גזם – פינוי לאתר מורשה המבצע הפרדה ומחזור (דרך עירית נס ציונה)
  

• פסולת נייר וקרטונים – מועברת לספק מאושר למחזור
  

• מוצרי פלסטיק – מועברות לתאגיד מורשה למחזור
  

• ציוד אלקטרוני וסוללות (מחשבים/מכשור וכו') – פינוי לתאגיד מאושר לטיפול ו​מחזור ​